双人对战模式为玩家提供了与好友组队对抗的乐趣。要开启双人模式，首先进入游戏主界面，点击决斗场图标，随后选择更多玩法选项。在更多玩法中，找到羁绊对决模式并点击进入界面右下角会出现创建队伍按钮，点击后即可组建自己的队伍。创建队伍后，通过右侧的邀请队友功能，从好友列表中选择在线好友发送邀请。好友接受邀请并加入队伍后，队长点击出战按钮，系统将自动匹配对手，完成匹配后即可开始双人对战。
双人对战模式下，玩家需注意忍者、秘卷和通灵兽的搭配。双方队伍需各自禁用一名忍者，并从剩余忍者池中选择出战角色。每名玩家拥有独立的血量和奥义点，对战时间为120秒。当一名玩家被击败时，队友可选择接替登场的时机，两名队员会短暂共存，共同发动攻击。这种机制要求玩家与队友保持默契，合理分配技能释放时机，避免资源浪费。部分活动限定双人玩法可能要求特定忍者上场，例如秽土转生千手柱间，需提前确认活动规则。
对于设备操作，双人模式支持本地联机或在线组队。若使用手柄或键盘进行本地双人对战，需提前在设置中调整键位。在究极风暴系列中，玩家可通过连接手柄或使用键盘模拟器实现双人操作。进入游戏后，在自由对战模式中选择VS对战，分别设置1P和2P的键位即可开始对战。需部分版本可能要求额外设备支持，如两个手柄或一个手柄加一个键盘的组合。
双人对战的策略核心在于沟通与配合。建议在战斗前与队友明确分工，例如一名玩家负责主攻，另一名玩家负责辅助或控场。合理利用秘卷和通灵兽的技能衔接，可大幅提升团队战斗力。关注对手的禁用忍者选择，避免己方核心角色被限制。若参与活动玩法，还需留意奖励条件，如特定忍者上场或完成指定任务等。
